唐代濰縣南往安丘、諸城驛道三十里處鑿井一眼旁筑一方土堆為標志，清末，土堆旁開一客店取名“坊子店”，坊子因此而得名。
　　1948年4月濰縣城解放，坊子鎮一帶屬濰坊特別市坊子市區，后改為濰坊市坊子區，又稱濰坊市第四區，其他鄉鎮屬濰南縣。1950年濰南縣制撤銷，并入濰北縣；1953年濰北縣并入濰縣。以后區劃雖經多變，但區境大部屬濰坊市和濰縣。
　　1983年10月，濰坊地區改建為省轄市，12月組建坊子區，1984年1月正式設立。
　　1992年12月18日，撤銷車留山鄉、溝西鄉、眉村鄉、埠頭鄉，分別設立車留山鎮、溝西鎮、眉村鎮、埠頭鎮。
　　1996年，坊子區面積361.7平方千米，人口24.2萬，轄1個街道、8個鎮、1個鄉：坊城街道、坊子鎮、車留莊鎮、溝西鎮、荊山洼鎮、眉村鎮、埠頭鎮、清池鎮、穆村鎮、涌泉鄉。區政府駐坊子鎮。
　　1999年3月1日，將濰坊市坊子區清池鎮的東葛莊、西葛莊2個村劃歸車留莊鎮管轄；將清池鎮的岳家村和車留莊鎮的南店村、王松一村、王松二村、王松三村、王松四村6個村劃歸溝西鎮管轄（魯政函民字[1999]5號）。
　　2000年4月29日，撤銷涌泉鄉，將原涌泉鄉的大莊家村等18個村劃歸清池鎮管轄，徐家莊村等8個村劃歸車留莊鎮管轄，朱家營村等7個村劃歸穆村鎮管轄，翟家埠村等10個村劃歸眉村鎮管轄（魯政函民字[2000]32號）。至此，坊子區轄2個街道、8個鎮。
　　2000年第五次人口普查，坊子區總人口256590人，其中：鳳凰街道24435人，坊城街道30141人，坊子鎮22969人，清池鎮36409人，眉村鎮32375人，埠頭鎮20735人，穆村鎮32833人，車留莊鎮22422人，荊山洼鎮16990人，溝西鎮17281人。
　　截至2002年12月31日，全區總面積361.7平方千米。3個街道、5個鎮，287個行政村（居委會）。年底全區總人口25.22萬人，其中，非農業人口6.12萬人。
　　2003年1月28日，坊子區調整部分行政區劃：將坊子區車留莊鎮的陳家油坊、王家油坊一村、王家油坊二村、岳家村、西葛村、東葛村、李家石門、趙家石門、官路、董流村、吳家莊、北趙莊、南趙莊、北徐家莊、新莊15個村以及鳳凰街道辦事處所轄的山后鄭家、彥坊2個村劃歸清池鎮；撤銷清池鎮，以清池鎮的行政區域設立清池街道辦事處，辦事處機關駐原清池鎮人民政府駐地。
　　2003年6月30日，將安丘市南流鎮劃歸濰坊市坊子區管轄。
　　2003年7月4日，山東省政府批復同意濰坊市坊子區奎文區調整部分行政區劃：撤銷坊子區車留莊鎮，將原車留莊鎮的蔡家樓、于家莊、上埠、向陽、孫家莊子、東黃門莊、西黃門莊、東曹莊、蝦蟆屯、三岔河、后車留莊、渭陽、于家官莊、中官莊、張家官莊、谷家石門、董坊、東單家埠、西單家埠、高鐵官莊、李村21個村劃歸清池街道辦事處管轄，將原車留莊鎮的郭家、辛王家莊、董家莊子、辛李家、南范家、南店、東王松一村、東王松二村、東王松三村、東王松四村、羅家宅子、辛冬一村、辛冬二村、辛冬三村、河南頭、西曹莊16個村劃歸鳳凰街道辦事處管轄，將原車留莊鎮的小站、前車留莊、西河下、山莊4個村劃歸穆村鎮管轄；將坊子區清池街道辦事處劃歸奎文區管轄。
　　2003年8月26日，坊子區設立坊安街道辦事處，將鳳凰街道辦事處的南店、西曹莊、東王松一村、東王松二村、東王松三村、東王松四村、羅家宅子和南流鎮的西王松、沙埠、高陵官莊、王家石埠、張家石埠、于家石埠、荒里、東村、蔡家石埠、侯家莊、任家水坡、洼里、河北郎郡莊、張疃、李家水坡、祥疃劃歸坊安街道辦事處管轄，辦事處機關駐濰安公路與王高公路交匯處東北約300米處。
　　2003年，全區總面積345.55平方千米。轄8個鎮（辦事處），244個行政村（居委會）。年底全區總人口23.95萬人，其中非農業人口6萬人。
　　2007年，撤銷荊山洼鎮、恒安街道、長寧街道，合并設立新的坊城街道；撤銷南流鎮、坊安街道，合并設立新的坊安街道；撤銷眉村鎮、穆村鎮，合并設立九龍澗街道；鳳凰街道保持不變。
　　2007年，經市政府研究并報省政府批準，同意將安丘市黃旗堡鎮、趙戈鎮，昌邑市的太保莊鎮（連同峽山及峽山水庫）劃歸濰坊市坊子區。
　　2009年5月11日，經省政府批準：將昌邑市飲馬鎮的岞山前、岞山中、岞山后、高家莊、留戈莊、前張百戶屯、后張百戶屯、岞山站、西惺惺、東惺惺、牟家莊子、周家官莊、耿家莊子、蓋家莊子、日戈莊東、日戈莊西、雙埠子、孫郭田戈莊、郝家官莊、梁家田戈莊、劉家田戈莊、馬家屯、盤馬埠、東章、西章、早立、坡立東、坡立西、南楊家莊、顏家莊、皂角樹、前行營、大行營、東下灣、南下灣、西下灣一、西下灣二、西下灣三、西北院、前輝、后輝、久遠埠、盧家官莊、趙家屯、劉家埠、戴家官莊、黃家官莊、徐家官莊等48個村，北孟鎮的橫路屯、大陳、大石門等3個村，高密市闞家鎮的前鄭公、后鄭公一、后鄭公二、后鄭公三、后店東、后店西、北甲莊、西山甫、東山甫、逄家、劉家溝、陳家山甫、西新、張家院、山前、東新、潘劉屯、柳家屯、良灣屯、武巽屯、中嶺、前嶺、西嶺、后嶺、前柿子園、后柿子園、于家下坡等27個村，井溝鎮的城子、大圈、小圈、王家辛莊、住王莊、前鋪、后鋪等7個村，諸城市相州鎮的尚家莊、南張洛、后涼臺、前涼臺、逄家嶺、北戈莊、徐家莊、新村等8個村，劃歸坊子區太保莊鎮管轄；將安丘市景芝鎮的大圈、郭家莊子、東于戈莊、西于戈莊、旺民莊、前張家莊、后張家莊、劉家屯、杜家莊、北張洛、賈戈莊、高家莊、薛家莊、于家莊等14個村劃歸坊子區趙戈鎮管轄。