境內有密水，因高密在密水的上游，即密水高處而得名。周代稱夷維。戰國始有高密之名，秦置高密縣。1994年5月18日，撤銷高密縣，以原高密縣的行政區域設立縣級高密市。

　　1984年3月，實行撤公社改鄉（鎮），將原來的20個公社改為11個鎮和18個鄉，分別是：高密鎮、柏城鎮、姚哥莊鎮、夏莊鎮、姜莊鎮、大牟家鎮、康莊鎮、雙羊鎮、井溝鎮、柴溝鎮、李家營鎮、張魯鄉、河崖鄉、大欄鄉、仁和鄉、咸家鄉、周戈莊鄉、蔡家站鄉、闞家鄉、初家鄉、高戈莊鄉、田莊鄉、呼家莊鄉、注溝鄉、方市鄉、土莊鄉、拒城河鄉、周陽鄉、王吳鄉。
　　1992年1月24日，撤銷呼家莊鄉，設立呼家莊鎮。1994年1月18日，撤銷闞家鄉、河崖鄉、蔡家站鄉、注溝鄉、拒城河鄉、周戈莊鄉、張魯鄉，設立闞家鎮、河崖鎮、蔡家站鎮、注溝鎮、拒城河鎮、周戈莊鎮和張魯鎮。1994年12月29日，撤銷高密市仁和鄉、初家鄉，設立仁和鎮、初家鎮（1995年1月正式實施）。
　　1995年10月23日，設立朝陽街道辦事處，辦事處機關駐城南街東首，將高密鎮的荊家莊、許家莊、秦家嶺、單家屋子、羅家莊、小墓田、高家嶺、黃山塋、魯家廟、東觀音堂、西觀音堂、邱家洼12個行政村，柏城鎮的田家村、王家響疃、鄧家村3個行政村劃歸朝陽街道辦事處管轄（1996年1月正式實施）。
　　1997年，高密市面積1605.6平方千米，人口84萬。轄1個街道、21個鎮、8個鄉：朝陽街道、高密鎮、初家鎮、柏城鎮、蔡家站鎮、柴溝鎮、大牟家鎮、河崖鎮、呼家莊鎮、姜莊鎮、井溝鎮、拒城河鎮、康莊鎮、闞家鎮、李家營鎮、仁和鎮、雙羊鎮、夏莊鎮、姚哥莊鎮、張魯鎮、周戈莊鎮、注溝鎮、大欄鄉、方市鄉、高戈莊鄉、田莊鄉、土莊鄉、王吳鄉、咸家鄉、周陽鄉。市政府駐高密鎮。
　　2000年第五次人口普查，全市總人口842403人，其中：朝陽街道20781人，高密鎮165755人，柏城鎮30295人，姚哥莊鎮23830人，張魯鎮20868人，河崖鎮26434人，夏莊鎮49915人，姜莊鎮34981人，仁和鎮21514人，大牟家鎮26574人，周戈莊鎮21822人，康莊鎮27081人，蔡家站鎮16578人，闞家鎮21453人，初家鎮19900人，雙羊鎮30563人，井溝鎮25952人，呼家莊鎮27381人，注溝鎮24207人，柴溝鎮30443人，拒城河鎮22311人，李家營鎮23054人，大欄鄉16071人，咸家鄉12971人，高戈莊鄉18448人，田莊鄉18156人，方市鄉10749人，土莊鄉18043人，周陽鄉20771人，王吳鄉15502人。
　　2001年3月，撤銷咸家鄉，并入仁和鎮；撤銷大欄鄉，并入河崖鎮；撤銷張魯鎮，并入姚哥莊鎮；撤銷蔡家站鎮，并入康莊鎮；撤銷高戈莊鄉，并入雙羊鎮；撤銷田莊鄉，并入井溝鎮；撤銷方市鄉，并入注溝鎮；撤銷土莊鄉，并入柴溝鎮；撤銷王吳鄉，并入李家營鎮；撤銷周陽鄉，并入拒城河鎮；撤銷初家鎮，并入闞家鎮；撤銷高密鎮，將高密鎮交通路以東娘娘廟、前埠口、后埠口、葛家莊、東欒家莊、東小莊、卣坊、張家八里、李家八里、沈家八里、候家八里11個村（居）劃歸朝陽街道；以原高密鎮人民大街以北的行政區域為行政區域（交通路以東娘娘廟等11個村居除外）設立醴泉街道；以原高密鎮（交通路以東娘娘廟等11個村居除外）人民大街以南的行政區域為行政區域設立密水街道。
　　截至2002年12月31日，全市總面積1605平方千米。總人口85.19萬人，其中非農業人口14.69萬人。轄3個街道、17個鎮：朝陽街道、醴泉街道、密水街道、柏城鎮、姚哥莊鎮、河崖鎮、夏莊鎮、姜莊鎮、仁和鎮、大牟家鎮、周戈莊鎮、闞家鎮、雙羊鎮、井溝鎮、拒城河鎮、李家營鎮、康莊鎮、呼家莊鎮、注溝鎮、柴溝鎮。共有994個行政村。
　　2003年5月8日，高密市夏莊鎮西李家苓芝、西門家苓芝、西王家苓芝、魯家村、盧家嶺、王黨、倉上、東王家苓芝、東門家苓芝、東李家苓芝、管家苓芝、劉家苓芝12個村劃歸朝陽街道辦事處管轄。
　　2003年底，全市總面積1605.6平方千米。總人口85.22萬人，其中非農業人口22.24萬人。轄17個鎮、3個街道辦事處，994個行政村（居委會）。
　　2006年，高密市轄3個街道、17個鎮：朝陽街道、醴泉街道、密水街道、柏城鎮、姚哥莊鎮、河崖鎮、夏莊鎮、姜莊鎮、仁和鎮、大牟家鎮、周戈莊鎮、康莊鎮、闞家鎮、雙羊鎮、井溝鎮、呼家莊鎮、注溝鎮、柴溝鎮、拒城河鎮、李家營鎮。　　2007年8月，高密市將20個鎮、街道調整為7個鎮、3個街道：撤銷姚哥莊鎮，并入朝陽街道；撤銷拒城河鎮，并入密水街道；撤銷康莊鎮，并入醴泉街道；撤銷河崖鎮，將原河崖鎮的行政區域劃歸夏莊鎮；撤銷仁和鎮，并入姜莊鎮；撤銷周戈莊鎮，并入大牟家鎮；撤銷雙羊鎮，并入闞家鎮；撤銷呼家莊鎮，并入井溝鎮；撤銷注溝鎮，并入柴溝鎮；撤銷李家營鎮，并入柏城鎮。調整后，高密市總面積1605.55平方千米，總人口86.6萬人，轄7個鎮、3個街道。鎮（街）平均面積由調整前的80.25平方千米提高到160.5平方千米，平均人口由調整前的43306人提高到86613人。
　　2007年9月，將闞家鎮的前柿子園、后柿子園、東新村、西新村、劉家溝、西嶺、東山甫、西山甫、陳家山甫、山前、柳家屯、潘劉屯、逄家村、張家院、北甲莊、良灣屯、武巽屯、前嶺、中嶺、后嶺、于家下坡、后店東村、后店西村、前鄭公、后鄭公一村、后鄭公二村、后鄭公三村等27個村，井溝鎮的城子、大圈、小圈、王家辛莊、住王莊、前鋪、后鋪等7個村，共34個村交由濰坊市峽山生態經濟發展區管理。調整后，高密市總面積1527平方千米，人口84萬人。
　　2008年7月，將朝陽街道的羅家莊、鄧家莊、田家村、王家響疃、東單家屋子、秦家嶺、高家嶺、黃山塋、小木田、魯家廟、荊家莊、許家莊、邱家洼、西觀音堂、東觀音堂、東欒家莊、卣坊、李家八里莊、沈家八里莊、張家八里莊、侯家八里莊、娘娘廟、葛家莊、前埠口、后埠口、魯家村、盧家嶺、王黨、倉上、管家苓芝、劉家苓芝、東門家苓芝、東王家苓芝、西門家苓芝、西王家苓芝、西李家苓芝、東李家苓芝、東小莊38個居委會委托經濟開發區管理。調整后，經濟開發區管委會駐地不變，轄38個居委會，總面積26.23平方千米，人口54843人；新的朝陽街道辦事處駐原姚哥莊鎮政府駐地，轄62個行政村，總面積90平方千米，人口45841人。
　　2009年5月11日，經省政府批準，濰坊市坊子區高密市調整部分行政區劃：將高密市闞家鎮的前鄭公、后鄭公一、后鄭公二、后鄭公三、后店東、后店西、北甲莊、西山甫、東山甫、逄家、劉家溝、陳家山甫、西新、張家院、山前、東新、潘劉屯、柳家屯、良灣屯、武巽屯、中嶺、前嶺、西嶺、后嶺、前柿子園、后柿子園、于家下坡等27個村，井溝鎮的城子、大圈、小圈、王家辛莊、住王莊、前鋪、后鋪等7個村劃歸坊子區太保莊鎮管轄。