西周初，諸城地屬莒子國封地，有婁、防、茲等邑。春秋時期，諸城南部地區屬魯，北部歸齊。魯莊公二十九年（公元前665年）冬，魯國在今諸城城區西南15千米石屋山東北、濰河南岸“城諸設防，取名諸邑（舊址在今日枳溝喬莊）”。秦屬瑯玡郡。西漢初年置東武縣，今諸城境內始置東武縣（因山為名，治今城關古城子村）、諸縣（因魯諸邑得名。邑因諸馮得名。孟子曰：“舜生于諸馮。”）、瑯玡縣（治今膠南夏河城）、平邑縣（治今石橋子鎮都吉臺）、橫縣（盧山北）、昌縣（治今昌城村）、石泉縣（治今古縣）。武帝元封五年（公元前106年），瑯玡郡移治東武，轄于徐州刺史部。王莽天風元年（公元14年）改東武為祥善。更始元年（公元23年）復為東武。建初五年（公元80年），改瑯玡郡為瑯玡國。東漢廢橫縣、昌縣、石泉縣，相繼并入東武。三國魏時期，東武屬城陽郡。西晉太康十年（289年）改屬東莞郡，轄于徐州。北齊省諸縣、平昌縣，相繼并入東武。
　　隋開皇十八年（598年），改東武縣為諸城縣（取縣西15千米漢故諸縣城為名），屬密州，治諸城。大業三年（607年），密州改為高密郡，諸城為郡治。唐代，諸城縣時屬密州，時屬高密郡，統轄于河南道。北宋時期，諸城為京東東路密州安化軍節度使治。金時，屬山東東路密州治，并于縣內置普慶、信陽、草橋三鎮。元朝時，諸城仍為密州治，屬山東東西道宣慰司益都路總管府。明洪武二年（1369年），廢密州，原州治改為諸城縣治，隸屬于青州府。洪武四年，置諸城寧御千戶所。清沿襲明治，諸城屬青州府。據清乾隆年間地圖記載，諸城疆域東南至黃海，北到安丘浯河，面積4500平方千米，兩倍于今。
　　民國元年（1912年）2月1日，諸城獨立。民國3年，諸城屬膠東道。民國14年，諸城改屬萊濰道，縣行政機構為公署。民國17年廢道制，縣直屬于省。民國19年縣公署改為縣政府。1943年7月18日在長城嶺成立諸城縣抗日民主政府，隸屬于濱海區濱北專署。1945年8月日軍投降，9月6日諸城解放。9月9日成立諸城縣人民政府。1946年7月屬膠東區濱北專署。建國后先屬膠州專署，1956年4月改屬昌濰專區（后改稱濰坊地區），1983年為濰坊市所轄。1987年4月20日，撤銷諸城縣，以原諸城縣的行政區域設立諸城市。同年7月1日正式撤縣設市，屬山東省政府管轄，由濰坊市代管。

　　隋改東武縣為諸城縣時，縣境東北與膠西為鄰，北與高密、安丘交界，西與東莞毗連，南為高密、瑯琊郡界，東南與瑯琊接壤。至膠西、高密縣城各為40千米，至安丘縣城30千米，至東莞縣城45千米，至郡界15千米，至瑯琊縣城65千米。清朝初期，設8鄉169社，城郭12隅。乾隆初年，劃為32練，城郭8坊。乾隆諸城縣志記載：“縣東五十里至膠州界，又九十里至州；西五十里至莒州界，又百三十里至州；南百二十里至日照界，又四十里至其縣；北、東北各六十里至安丘、高密二縣界，又皆六十里至其縣；東南百五十里至海。此疆域之大凡也。廣百二十里，袤百八十里。”總面積4071.5平方千米。民國18年（1929年），設有7區4鎮65鄉2005個村。抗日民主政府成立后，轄16個區1100個自然村。1949年轄10個區，下設117個鄉647個自然村，總面積799平方千米。
　　1950年1月，將莒北縣的太平、金墩、清河、枳溝、賈悅、荊山等6個區劃歸諸城，諸城由原轄10個區增加到16個區，下設136個鄉982個自然村。1953年3月，將膠河縣的障北區、臺西區、桃園區、石門區和豐臺區之一部分劃歸諸城，境域面積擴大到2126平方千米。1953年冬，全縣設20個區219個鄉5個鎮1185個自然村。1956年3月，將藏馬縣的桃林區劃歸諸城縣；1956年4月，將五蓮縣的常山區劃歸諸城縣。1958年2月，撤區并鄉，共有1鎮35鄉1331個自然村。1958年9月成立人民公社，全縣共有19個公社，轄1328個自然村。
　　1959年7月，因修建十字路水庫，將諸城縣桃林公社辛小莊等10個村劃歸膠南縣。1965年，將五蓮縣的王家北杏等5個大隊劃歸諸城縣。1965年4月，將諸城縣原石埠子公社所屬渠河以北之石埠子等16個大隊和石橋子公社所屬渠河以北之周家屯等4個大隊劃歸安丘縣，同時將安丘縣東南部渠河以東之河套等17個大隊劃歸諸城縣。1970年11月，將諸城縣桃林公社蘭上大隊劃歸膠南縣。1983年底有1鎮21個公社。1984年4月，撤銷人民公社，建立鄉（鎮）政權，全縣分為13鎮22鄉1345個自然村。
　　1987年7月1日改縣為市（縣級市），轄13個鎮、22個鄉，1340個村（居）委會。總面積2182.7千米，東西最大橫距66.5千米，南北最大縱距72千米。其四至：東29千米至膠南市界，又30千米至城區，東北27千米至高密市界，又東29千米至城區；北25.5千米至安丘市界，又23.5千米至城區；西34千米至沂水縣界、莒縣縣界，又58千米至沂水縣城，48千米至莒縣城；東南37千米至膠南市界。
　　1989年4月10日（5月正式實施），撤銷范家官莊鄉，并入孟疃鎮；撤銷曹家泊鄉，并入相州鎮；撤銷芝靈鄉，并入昌城鎮；撤銷大仁和鄉，并入百尺河鎮；撤銷大屯鄉，并入林家村鎮；撤銷朱家村鄉，并入皇華鎮；撤銷樓子鄉、程戈莊鄉，設立程戈莊鎮；撤銷壽塔鄉、郝戈莊鄉，設立郝戈莊鎮。
　　1994年9月20日，撤銷呂標鄉，設立呂標鎮；撤銷涼臺鄉，設立郭家屯鎮，以原涼臺鄉的行政區域和相州鎮的丁家沙窩、南營、封家嶺、秦家河崖、馬家埠、韓富莊、業家屯、前宋崗、后宋崗、趙家寨、興和11個村為郭家屯鎮的行政區域，鎮政府駐郭家屯。
　　1996年3月11日，將解留鎮政府駐地遷至九臺村并更名為九臺鎮（魯政函民字[1996]15號）。1996年3月11日，撤銷箭口鄉、朱解鄉、萬家莊鄉，設立箭口鎮、朱解鎮、萬家莊鎮（魯政函民字[1996]16號）。
　　1996年，諸城市面積2182.7平方千米，人口103萬，轄20個鎮、7個鄉：城關鎮、呂標鎮、枳溝鎮、箭口鎮、萬家莊鎮、賈悅鎮、孟疃鎮、石橋子鎮、程戈莊鎮、九臺鎮、相州鎮、郭家屯鎮、昌城鎮、百尺河鎮、辛興鎮、朱解鎮、林家村鎮、瓦店鎮、郝戈莊鎮、皇華鎮、馬莊鄉、吳家樓鄉、桃園鄉、石河頭鄉、石門鄉、桃林鄉、山東頭鄉。市政府駐城關鎮。
　　1996年12月29日，撤銷馬莊鄉，設立馬莊鎮（魯政函民字[1996]65號）。至此，諸城市21個鎮、6個鄉
　　2000年第五次人口普查，諸城市總人口1053695人，其中：城關鎮211617人，呂標鎮45046人，枳溝鎮46169人，箭口鎮28396人，萬家莊鎮43193人，賈悅鎮41195人，盂疃鎮33187人，馬莊鎮30826人，石橋子鎮33493人，程戈莊鎮31549人，九臺鎮25962人，相州鎮48706人，郭家屯鎮29528人，昌城鎮62304人，百尺河鎮49760人，辛興鎮38213人，朱解鎮34171人，林家村鎮34214人，瓦店鎮19860人，郝戈莊鎮28094人，皇華鎮43604人，吳家樓鄉16908人，桃園鄉13246人，石河頭鄉15346人，石門鄉13774人，桃林鄉22848人，山東頭鄉12486人。
　　2001年2月，撤銷山東頭鄉，并入桃林鄉；撤銷石河頭鄉，并入桃園鄉；撤銷石門鄉，并入瓦店鎮；撤銷萬家莊鎮、箭口鎮，合并組成舜王街道辦事處；撤銷吳家樓鄉，將原吳家樓鄉的吳家樓等34個村劃歸石橋子鎮；將原吳家樓鄉的后家疃等7個村劃歸程戈莊鎮；將原吳家樓鄉小程家莊子村劃歸馬莊鎮；撤銷城關鎮，將原城關鎮扶淇河以東的興華居委會、建國居委會、繁榮居委會、繁華居委會、大華等65個村（居）委會的管轄范圍，設立密州街道，辦事處駐地為原城關鎮駐地；將原城關鎮扶淇河以西的岔道口等38個村委會的管轄范圍設立龍都街道，辦事處駐地店子園。
　　至2002年7月，與諸城市毗鄰的七條邊界線全部勘定。全市邊界線總長509千米，其中諸城高密線72.808千米，諸城安丘線73.243千米，諸城沂水線19.104千米，諸城莒縣線31.251千米，諸城五蓮線158千米，諸城膠南線122.088千米，諸城膠州線33.122千米。在邊界線及諸城方共埋設界樁42棵。
　　2002年底，全市總面積2183平方千米。總人口105.8萬人，其中非農業人口16.32萬人。轄3個街道、18個鎮、2個鄉：密州街道、龍都街道、舜王街道、呂標鎮、枳溝鎮、賈悅鎮、孟疃鎮、馬莊鎮、石橋子鎮、程戈莊鎮、九臺鎮、相州鎮、郭家屯鎮、昌城鎮、百尺河鎮、辛興鎮、朱解鎮、林家村鎮、瓦店鎮、郝戈莊鎮、皇華鎮、桃園鄉、桃林鄉。共有1337個行政村（居委會）。
　　2003年底，全市總面積2183平方千米。總人口105.8萬人，其中非農業人口28.6萬人。轄23個鄉（鎮、辦事處），1337個行政村（居委會）。
　　2007年2月，撤銷朱解鎮、呂標鎮、九臺鎮，其轄區分別并入密州街道、龍都街道、舜王街道；全市鄉鎮平均面積由94.9平方千米增加到109.9平方千米，平均人口規模由4.6萬人增加到5.3萬人。2007年5月，撤銷郭家屯鎮、郝戈莊鎮，其轄區分別并入相州鎮、皇華鎮；全市鄉鎮平均面積由109.9平方千米增加到121.2平方千米，平均人口規模由5.3萬人增加到6.1萬人。至此，全市共有13個鎮、2個鄉、3個街道，1257個行政村、89個社區。
　　2007年8月，撤銷孟疃鎮、馬莊鎮，并入賈悅鎮；撤銷程戈莊鎮，將其中26個村并入舜王街道，27個村并入石橋子鎮；撤銷瓦店鎮、桃園鄉，劃歸林家村鎮。調整后，全市轄9個鎮、3個街道、1個鄉，1257個行政村、89個社區，1216個自然村。全市鄉鎮平均面積由121.2平方千米增加到167.9平方千米，平均人口規模由6.1萬人增加到8.2萬人。
　　2007年10月，將相州鎮北部8個村劃歸峽山水庫管理局（峽山水庫生態管理區）管轄，行政區劃隸屬不變。2007年底，全市總面積2183平方千米。總人口106.3001萬人。有少數民族26個，780人。轄13個鄉鎮（街道）、1個經濟開發區，1257個行政村、89個居委會。
　　2009年5月11日，經省政府批準，濰坊市坊子區諸城市調整部分行政區劃：將諸城市相州鎮的尚家莊、南張洛、后涼臺、前涼臺、逄家嶺、北戈莊、徐家莊、新村等8個村劃歸坊子區太保莊鎮管轄。
　　2010年，諸城市將1249個行政村全部撤銷，合并為208個農村社區。