昌樂縣古稱營丘，為姜太公初封地。漢置營陵縣，隋改營丘。唐置昌安縣。宋建隆三年（962年）始置昌樂縣，取昌盛安樂之意而得名。據《青州府志》：“縣為劉宋都昌縣地。昌樂者，蓋取都昌一邑安樂之意云。”

1994年11月1日，撤銷平原鄉、崔家莊鄉、阿陀鄉，設立平原鎮、崔家莊鎮、阿陀鎮。1995年7月25日，撤銷畢都鄉、南郝鄉、北巖鄉、河頭鄉，設立青龍鎮、南郝鎮、北巖鎮、河頭鎮；撤銷漳河鄉，以原漳河鄉的行政區域設立高崖鎮；將臨朐縣白塔鄉的張家樓、東前韓、東后韓、東前河野、東后河野5個行政區和東窩鋪、東白塔2個自然村劃歸高崖鎮管轄。

1996年，昌樂縣面積1062.6平方千米，人口約57.8萬人。轄16鎮6鄉：昌樂鎮、阿陀鎮、北巖鎮、崔家莊鎮、高崖鎮、紅河鎮、河頭鎮、馬宋鎮、南郝鎮、平原鎮、喬官鎮、青龍鎮、唐吾鎮、五圖鎮、堯溝鎮、朱劉鎮、朱漢鄉、北展鄉、北唐吾鄉、包莊鄉、大宅科鄉、王俊鄉。縣政府駐昌樂鎮。

1996年6月28日，撤銷臨朐縣白塔鄉，設立昌樂縣白塔鎮，將原白塔鄉所屬的劉家溝、西寺后、東寺后、窩鋪、白塔、史家溝、北段、山坡西溝、克家洼、臥牛石官莊、魏家溝、后河野、西前韓、南高家莊、山坡、西后韓、董家莊、栗行、建新、前河野、洛村、趙莊、孫家溝、北洋河、南洋河、大溝、閆家河、黃冢坡等28個村和臨朐縣大關鎮的池子村劃歸白塔鎮管轄，鎮人民政府駐原白塔鄉人民政府駐地；將原白塔鄉所屬的龐家河、西雙山河、東雙山河、李家溝、王家溝、大高家莊等6個村劃歸臨朐縣辛寨鎮管轄，鄔家官莊劃歸臨朐縣柳山鎮管轄，上述區劃調整后，昌樂縣白塔鎮，臨朐縣辛寨鎮、柳山鎮的行政區域界線以濰政請字[1996]50號、51號文所附的1：5萬地形圖上標繪的邊界線為準（魯政字[1996]121號）。

1996年12月29日，撤銷朱漢鄉、大宅科鄉，設立朱漢鎮、大宅科鎮（魯政函民字[1996]65號）。1997年7月9日，撤銷北展鄉，設立北展鎮（魯政函民字[1997]31號）。至此，昌樂縣轄20個鎮、3個鄉。

2000年第五次人口普查，昌樂縣總人口593009人，其中：昌樂鎮85475人，堯溝鎮23555人，朱劉鎮46517人，五圖鎮31529人，南郝鎮26592人，北巖鎮25151人，喬官鎮28758人，青龍鎮14369人，唐吾鎮26275人，高崖鎮23501人，平原鎮28511人，紅河鎮30255人，馬宋鎮18219人，河頭鎮22584人，阿陀鎮23016人，崔家莊鎮19444人，白塔鎮20631人，北展鎮16824人，朱漢鎮15990人，大宅科鎮14250人，北唐吾鄉13990人，包莊鄉17863人，王俊鄉12500人，昌樂縣經濟技術開發區7210人。

2002年末，全縣總面積1101平方千米。總人口59.95萬人，其中非農業人口8.29萬人。轄15個鎮：昌樂鎮、朱劉鎮、堯溝鎮、南郝鎮、北巖鎮、五圖鎮、喬官鎮、馬宋鎮、崔家莊鎮、阿陀鎮、朱漢鎮、唐吾鎮、高崖鎮、紅河鎮、白塔鎮。共有904個行政村。2003年末，全縣總面積1101平方千米。總人口59.63萬人，其中非農業人口12.72萬人。

2006年，昌樂縣轄4個街道、12個鎮：城關街道、寶城街道、朱劉街道、城南街道、堯溝鎮、五圖鎮、北巖鎮、喬官鎮、鄌郚鎮、高崖鎮、紅河鎮、馬宋鎮、阿陀鎮、崔家莊鎮、白塔鎮、朱漢鎮。

2007年，撤銷堯溝鎮，將原堯溝鎮的行政區域劃歸寶城街道辦事處管轄，辦事處機關駐地不變；撤銷五圖鎮，以原五圖鎮的行政區域設立五圖街道辦事處，辦事處機關駐原五圖鎮政府駐地；撤銷北巖鎮，將原北巖鎮的行政區域并入喬官鎮，鎮政府駐地不變；撤銷崔家莊鎮、阿陀鎮、馬宋鎮，以原崔家莊鎮、阿陀鎮、馬宋鎮的行政區域設立營邱鎮，鎮政府駐地駐原馬宋鎮政府駐地；撤銷朱漢鎮，將朱漢鎮的行政區域并入紅河鎮，鎮政府駐地不變；撤銷白塔鎮、高崖鎮，將白塔鎮、高崖鎮的行政區域并入鄌郚鎮，鎮政府駐地不變。調整后，昌樂縣轄5個街道、4個鎮：城關街道、寶城街道、朱劉街道、城南街道、五圖街道、喬官鎮、鄌郚鎮、紅河鎮、營邱鎮。縣政府駐城關街道。

2013年，城關街道辦事處更名為寶都街道辦事處，寶都街道辦事處機關駐地設在原城關街道辦事處駐地。將寶城街道辦事處所轄的25個行政村（社區）、五圖街道辦事處所轄的7個行政村以及城南街道辦事處所轄的寶通社區劃歸寶都街道辦事處管轄。寶城街道辦事處機關駐地遷至昌樂縣經濟開發區管委會駐地。撤銷城南街道辦事處，將其行政區域并入五圖街道辦事處。五圖街道辦事處機關駐地遷至原城南街道辦事處駐地。