古稱鄑邑、都昌。春秋時(shí)設(shè)城邑，本齊之都昌邑，漢因置都昌縣。宋建隆三年（962年），稱昌邑，以邑在漢之都昌城，故名。1945年劃為昌邑、昌南兩縣，1956年并置昌邑縣。1994年6月10日，撤銷昌邑縣，以原昌邑縣的行政區(qū)域設(shè)立縣級(jí)昌邑市。

　　1993年7月2日，撤銷昌邑縣龍池鄉(xiāng)，設(shè)立龍池鎮(zhèn)；撤銷青鄉(xiāng)鄉(xiāng)，設(shè)立青鄉(xiāng)鎮(zhèn)；撤銷卜莊鄉(xiāng)，設(shè)立卜莊鎮(zhèn)，撤銷倉(cāng)街鄉(xiāng)，設(shè)立倉(cāng)街鎮(zhèn)；撤銷丈嶺鄉(xiāng)，設(shè)立丈嶺鎮(zhèn)。1995年，昌邑市轄13個(gè)鎮(zhèn)、9個(gè)鄉(xiāng)：都昌鎮(zhèn)、柳疃鎮(zhèn)、青鄉(xiāng)鎮(zhèn)、龍池鎮(zhèn)、卜莊鎮(zhèn)、倉(cāng)街鎮(zhèn)、飲馬鎮(zhèn)、塔耳堡鎮(zhèn)、岞山鎮(zhèn)、石埠鎮(zhèn)、圍子鎮(zhèn)、下營(yíng)鎮(zhèn)、丈嶺鎮(zhèn)、李家埠鄉(xiāng)、夏店鄉(xiāng)、東冢鄉(xiāng)、宋莊鄉(xiāng)、南逄鄉(xiāng)、流河鄉(xiāng)、雙臺(tái)鄉(xiāng)、太保莊鄉(xiāng)、北孟鄉(xiāng)。
　　1996年，昌邑市面積1814平方千米，人口67.3萬(wàn)，轄13鎮(zhèn)9鄉(xiāng)：都昌鎮(zhèn)、柳疃鎮(zhèn)、青鄉(xiāng)鎮(zhèn)、龍池鎮(zhèn)、卜莊鎮(zhèn)、倉(cāng)街鎮(zhèn)、飲馬鎮(zhèn)、塔耳堡鎮(zhèn)、岞山鎮(zhèn)、石埠鎮(zhèn)、圍子鎮(zhèn)、下營(yíng)鎮(zhèn)、丈嶺鎮(zhèn)、李家埠鄉(xiāng)、夏店鄉(xiāng)、東冢鄉(xiāng)、宋莊鄉(xiāng)、南逄鄉(xiāng)、流河鄉(xiāng)、雙臺(tái)鄉(xiāng)、太保莊鄉(xiāng)、北孟鄉(xiāng)。市政府駐都昌鎮(zhèn)。
　　1996年12月27日，撤銷昌邑市北孟鄉(xiāng)、李家埠鄉(xiāng)，設(shè)立北孟鎮(zhèn)、李家埠鎮(zhèn)（魯政函民字[1996]62號(hào)）。1997年7月4日，撤銷都昌鎮(zhèn)，分別設(shè)立奎聚、都昌兩個(gè)街道辦事處（注：以原都昌鎮(zhèn)北海路以東的行政區(qū)域設(shè)立奎聚街道辦事處，以原都昌鎮(zhèn)北海路以西的行政區(qū)域設(shè)立都昌街道辦事處），將雙臺(tái)鄉(xiāng)的北褚、南褚、東褚、前埠、后埠5個(gè)行政村，南逄鄉(xiāng)的劉埠、王逄2個(gè)行政村，李家埠鎮(zhèn)的高家道照、長(zhǎng)埠2個(gè)行政村劃歸都昌街道辦事處管轄（魯政函民字[1997]28號(hào)）。1997年7月9日，撤銷宋莊鄉(xiāng)，設(shè)立宋莊鎮(zhèn)（魯政函民字[1997]31號(hào)）。至此，昌邑市轄2個(gè)街道、15個(gè)鎮(zhèn)、6個(gè)鄉(xiāng)。
　　2000年第五次人口普查，昌邑市總?cè)丝?83182人，其中：奎聚街道52339人，都昌街道37342人，李家埠鎮(zhèn)29325人，柳臆鎮(zhèn)30103人，青鄉(xiāng)鎮(zhèn)19711人，龍池鎮(zhèn)25526人，下營(yíng)鎮(zhèn)7909人，卜莊鎮(zhèn)31930人，圍子鎮(zhèn)41922人，倉(cāng)街鎮(zhèn)27408人，宋莊鎮(zhèn)30513人，石埠鎮(zhèn)30738人，飲馬鎮(zhèn)44560人，北盂鎮(zhèn)39933人，昨山鎮(zhèn)35531人，丈嶺鎮(zhèn)24907人，塔耳堡鎮(zhèn)32513人，南逢鄉(xiāng)22445人，雙臺(tái)鄉(xiāng)31126人，東冢鄉(xiāng)18481人，夏店鄉(xiāng)20300人，流河鄉(xiāng)17850人，太保莊鄉(xiāng)30770人。
　　2001年，昌邑市進(jìn)行行政區(qū)劃調(diào)整：李家埠鎮(zhèn)劃歸奎聚街道，青鄉(xiāng)鎮(zhèn)劃歸柳疃鎮(zhèn)，南逄鄉(xiāng)劃歸都昌街道，下營(yíng)鎮(zhèn)和東冢鄉(xiāng)劃歸夏店鄉(xiāng)，倉(cāng)街鎮(zhèn)劃歸圍子鎮(zhèn)，流河鄉(xiāng)劃歸石埠鎮(zhèn)，塔耳堡鎮(zhèn)劃歸丈嶺鎮(zhèn)。
　　2002年底，全市總面積1812平方千米。總?cè)丝?8.03萬(wàn)人，其中非農(nóng)業(yè)人口9.54萬(wàn)人。轄2個(gè)街道、11個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)，818個(gè)行政村（居委會(huì)）。
　　2003年底，全市總面積1812平方千米。總?cè)丝?7.7萬(wàn)人，其中非農(nóng)業(yè)人口13萬(wàn)人。轄15個(gè)鄉(xiāng)（鎮(zhèn)、辦事處），818個(gè)行政村（居委會(huì)）。
　　2006年，昌邑市轄2個(gè)街道、11個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)：奎聚街道、都昌街道、柳疃鎮(zhèn)、龍池鎮(zhèn)、夏店鎮(zhèn)、卜莊鎮(zhèn)、圍子鎮(zhèn)、宋莊鎮(zhèn)、石埠鎮(zhèn)、飲馬鎮(zhèn)、北孟鎮(zhèn)、岞山鎮(zhèn)、丈嶺鎮(zhèn)、雙臺(tái)鄉(xiāng)、太保莊鄉(xiāng)。
　　2007年，昌邑市將2個(gè)街道、11個(gè)鎮(zhèn)、2個(gè)鄉(xiāng)調(diào)整為2個(gè)街道、6個(gè)鎮(zhèn)、1個(gè)鄉(xiāng)：撤銷雙臺(tái)鄉(xiāng)，并入都昌街道；撤銷夏店鎮(zhèn)，并入卜莊鎮(zhèn)；撤銷宋莊鎮(zhèn)，并入圍子鎮(zhèn)；撤銷石埠鎮(zhèn)、岞山鎮(zhèn)，并入飲馬鎮(zhèn)；撤銷丈嶺鎮(zhèn)，將原丈嶺鎮(zhèn)的40個(gè)村（即2001年行政區(qū)劃調(diào)整前原丈嶺鎮(zhèn)轄區(qū)）與太保莊鄉(xiāng)合并設(shè)立太保莊鎮(zhèn)，將原丈嶺鎮(zhèn)的45個(gè)村（即2001年行政區(qū)劃調(diào)整前原塔耳堡鎮(zhèn)轄區(qū)）并入北孟鎮(zhèn)。2007年，將太保莊鎮(zhèn)（連同峽山及峽山水庫(kù)）劃歸濰坊市坊子區(qū)。
　　2009年5月11日，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，濰坊市坊子區(qū)昌邑市調(diào)整部分行政區(qū)劃：將昌邑市飲馬鎮(zhèn)的岞山前、岞山中、岞山后、高家莊、留戈莊、前張百戶屯、后張百戶屯、岞山站、西惺惺、東惺惺、牟家莊子、周家官莊、耿家莊子、蓋家莊子、日戈莊東、日戈莊西、雙埠子、孫郭田戈莊、郝家官莊、梁家田戈莊、劉家田戈莊、馬家屯、盤馬埠、東章、西章、早立、坡立東、坡立西、南楊家莊、顏家莊、皂角樹、前行營(yíng)、大行營(yíng)、東下灣、南下灣、西下灣一、西下灣二、西下灣三、西北院、前輝、后輝、久遠(yuǎn)埠、盧家官莊、趙家屯、劉家埠、戴家官莊、黃家官莊、徐家官莊等48個(gè)村，北孟鎮(zhèn)的橫路屯、大陳、大石門等3個(gè)村，劃歸坊子區(qū)太保莊鎮(zhèn)管轄。
　　2009年，恢復(fù)下營(yíng)鎮(zhèn)，將卜莊鎮(zhèn)榮烏高速公路以北大韓家、廒里、北張家莊、郇家、辛莊、小韓家、小劉家、常家、軍營(yíng)、小姜家莊、北趙家、北王家、李劉、裴家、呂家、西下營(yíng)、東下營(yíng)、曹家店、后柳、前柳、小院、大院、火道、灘子、北二甲、東辛店、胡家道口、馮家、海眼、張家寨、溝崖、王家廟、紀(jì)家、高家、楊家等35個(gè)行政村劃歸下營(yíng)鎮(zhèn)管轄，鎮(zhèn)政府駐地設(shè)在下營(yíng)鎮(zhèn)港口路5號(hào)；成立石埠經(jīng)濟(jì)發(fā)展區(qū)。