引物的設計對于這個實驗至關重要,因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,所以相應的對引物設計的要求就很高。普通的要求規則大家都知道,還有幾點必須注意:1,引物的錯配率(引物錯配形成引物二聚體,但是SYBR照樣能嵌入進去,結果導致實驗結果的誤差很大,重復性也不好)。2,引物的特異性一定要高(不像常規PCR,引物同源性不高,只要兩條產物的片段長度相差足夠大,在電泳的時候能夠區分開就可以。Real-time PCR只有在熔解曲線的時候能分開,所以這就造成整個實驗結果誤差很大,不可信)。在PCR產物中,由于內標與靶模板的長度不同。深圳血液定量PCR方案
Real-time PCR:基線(baseline):通常是3-15個循環的熒光信號,同一次反應中針對不同的基因需單獨設置基線。閾值(threshold):自動設置是3-15個循環的熒光信號的標準偏差的10倍。手動設置:置于指數擴增期,剛好可以清楚地看到熒光信號明顯增強。同一次反應中針對不同的基因可單獨設置閾值,但對于同一個基因擴增一定要用同一個閾值。Ct值:與起始濃度的對數成線性關系,分析定量時候一般取Ct:15-35.太大或者太小都會導致定量的不準確。相對定量:通過與內參基因Ct值之間的相差來計算基因之間的表達差異,一般是2-△△Ct。或者是考慮擴增效率的Pfaffl法。深圳血液定量PCR方案Real-time PCR包括病原微生物或病毒含量的檢測。
Real-time PCR鏈式反應的特點:靈敏度高:PCR產物的生成量是以指數方式增加的,能將皮克(pg=10-12)量級的起始待測模板擴增到微克(μg=-6)水平。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞;在病毒的檢測中,PCR的靈敏度可達3個RFU(空斑形成單位);在細菌學中很小檢出率為3個細菌。簡便、快速:PCR反應用耐高溫的TaqDNA聚合酶,一次性地將反應液加好后,即在DNA擴增液和水浴鍋上進行變性-退火-延伸反應,一般在2~4小時完成擴增反應。擴增產物一般用電泳分析,不一定要用同位素,無放射性污染、易推廣。純度要求低:不需要分離病毒或細菌及培養細胞,DNA粗制品及RNA均可作為擴增模板。可直接用臨床標本如血液、體腔液、洗嗽液、毛發、細胞、活組織等DNA擴增檢測。武漢微量Real-time PCR供應商聚合酶鏈反應的試劑應分配到一次性的等分試樣中。
Real-time PCR的染料法和探針法的選擇:進行mRNA表達量的測定,采用染料法是比較經濟實惠的;染料法可以通過比較熔解曲線的熔解峰位置得到產物特異性的情況;目的基因和內參基因分管檢測,染料法可以選用Realtime染料PCRPreMIX,探針法主要應用于病毒RNA的檢測;以及單位點突變(SNP);多基因的合并檢測,探針法還可用于同一個反應中同時檢測目的基因和內參基因的情況;而染料法則必須分管檢測。Real-time PCR:實時熒光定量PCR技術(Real-timequantitativePolymeraseChainReaction簡稱Real-time PCR)是在定性PCR技術基礎上發展起來的核酸定量技術。實時熒光定量在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程,使每一個循環變得“可見”,之后通過Ct值和標準曲線對樣品中的DNA(orcDNA)的起始濃度進行定量的方法。聚合酶鏈反應的這種能力增強了許多方法,例如生成雜交探針用于雜交。
Real-time PCR-傳統定量PCR:1)內參照法:在不同的PCR反應管中加入已定量的內標和引物,內標用基因工程方法合成。上游引物用熒光標記,下游引物不標記。在模板擴增的同時,內標也被擴增。在PCR產物中,由于內標與靶模板的長度不同,二者的擴增產物可用電泳或高效液相分離開來,分別測定其熒光強度,以內標為對照定量待檢測模板。2)競爭法:選擇由突變克隆產生的含有一個新內切位點的外源競爭性模板。在同一反應管中,待測樣品與競爭模板用同一對引物同時擴增(其中一個引物為熒光標記)。Real-time PCR可看作是生物體外的特殊DNA復制。深圳血液定量PCR方案
Real-time PCR提高實驗的重復性。深圳血液定量PCR方案
聚合酶鏈式反應:因為PCR擴增了目的DNA區域,所以PCR可以用于分析極少量的樣品。這對于法醫檢定法,當時只有微量的DNA可作為證據。聚合酶鏈反應也可用于分析古代DNA那已經有數萬年的歷史了。這些基于聚合酶鏈反應的技術已經成功地應用于動物身上,例如四萬年前猛犸,以及人類DNA,定量聚合酶鏈反應或者實時聚合酶鏈反應不要與逆轉錄-聚合酶鏈反應方法混淆)允許估計樣品中存在的給定序列的量——這種技術通常用于定量確定基因表達的水平。定量PCR是一種已建立的DNA定量工具,用于測量每輪PCR擴增后DNA產物的積累。聚合酶鏈反應的試劑應分配到一次性的等分試樣中。深圳血液定量PCR方案
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