周屬莒地，秦屬瑯琊郡，西漢置海曲縣，東漢置西海縣，北魏為梁鄉(xiāng)縣，北宋改日照鎮(zhèn)，南宋為日照縣。1985年撤縣設日照市，1989年為地級市。1992年日照市設區(qū)帶縣，以原日照市行政區(qū)域建東港區(qū)。
1988年4月1日，撤銷日照市日照鎮(zhèn)、嵐山頭鎮(zhèn)，分別以原鎮(zhèn)的行政區(qū)域設立日照、嵐山頭2個街道辦事處。1992年12月19日，設立日照市前三島鄉(xiāng)，隸屬日照市東港區(qū)，轄平島、達山島、車牛山島。1995年11月30日，撤銷東港區(qū)絲山鄉(xiāng)，設立秦樓街道辦事處。1996年5月24日，撤銷東港區(qū)河山鄉(xiāng)、西湖鄉(xiāng)，設立河山鎮(zhèn)、西湖鎮(zhèn)（魯政函民字[1996]25號）。
1996年，東港區(qū)面積1915平方千米，人口約116萬人。轄5個街道、13個鎮(zhèn)、5個鄉(xiāng)：日照街道、石臼街道、奎山街道、秦樓街道、嵐山頭街道、汾水鎮(zhèn)、碑廓鎮(zhèn)、西湖鎮(zhèn)、河山鎮(zhèn)、三莊鎮(zhèn)、巨峰鎮(zhèn)、后村鎮(zhèn)、兩城鎮(zhèn)、陳疃鎮(zhèn)、南湖鎮(zhèn)、高興鎮(zhèn)、濤雒鎮(zhèn)、黃墩鎮(zhèn)、大坡鄉(xiāng)、尹家河鄉(xiāng)、豎旗山鄉(xiāng)、虎山鄉(xiāng)、前三島鄉(xiāng)。區(qū)政府駐日照街道海曲中路。
2000年第五次人口普查，全區(qū)總?cè)丝?148190人，其中：日照街道178166人，石臼街道77223人，奎山街道41484人，秦樓街道80572人，嵐山頭街道40540人，河山鎮(zhèn)30717人，兩城鎮(zhèn)41110人，濤雒鎮(zhèn)65272人，高興鎮(zhèn)33098人，巨峰鎮(zhèn)44926人，后村鎮(zhèn)56452人，西湖鎮(zhèn)33963人，陳疃鎮(zhèn)28511人，南湖鎮(zhèn)45810人，三莊鎮(zhèn)39967人，黃墩鎮(zhèn)49897人，汾水鎮(zhèn)39057人，碑廓鎮(zhèn)47122人，大坡鄉(xiāng)28247人，豎旗山鄉(xiāng)24135人，尹家河鄉(xiāng)19610人，虎山鄉(xiāng)54558人，前三島鄉(xiāng)4823人，日照開發(fā)區(qū)42930人。
2000年12月27日，東港區(qū)撤銷豎旗山鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入三莊鎮(zhèn)；撤銷尹家河鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入南湖鎮(zhèn)；撤銷大坡鄉(xiāng)，將其行政區(qū)域并入巨峰鎮(zhèn)；撤銷汾水鎮(zhèn)，以原汾水鎮(zhèn)的行政區(qū)域設立安東衛(wèi)街道辦事處，辦事處機關(guān)駐原汾水鎮(zhèn)人民政府駐地（魯政函民字[2000]87號）。2002年末，東港區(qū)轄6個街道、13個鎮(zhèn)、1個鄉(xiāng)。
2004年9月9日，國務院批準（國函[2004]71號）：將東港區(qū)的嵐山頭、安東衛(wèi)2個街道和虎山、碑廓、黃墩、后村、高興、巨峰6個鎮(zhèn)劃歸新設立的嵐山區(qū)管轄。
2013年12月12日，《山東省人民政府關(guān)于同意調(diào)整日照市東港區(qū)部分行政區(qū)劃的批復》（魯政函民字[2013]53號）同意：一、設立臥龍山街道辦事處。將秦樓街道辦事處所轄的松竹村、窩落子、山口、厲家村、廟山后、雙廟、秦家官莊、竹溪村、吳家臺、任家臺、臥龍村、肥家莊、劉西樓、劉東樓、蘇家村、楊莊子、小陳家村、大陳家村、路家村、李家臺村、廟山前、后官莊、陶家村、富榮村、桃花島村、大泉溝村、張家臺村、后灘西、前灘西、王家皂、喬家墩子、東王家村、東小洼等33個行政村及青島路、碧海路2個社區(qū)和河山鎮(zhèn)所轄的大沙溝、卸甲莊、窩落子、西黃家莊、若家村、九山子、城壕、前沙溝、竹園、東山、東黃家莊等11個行政村劃歸臥龍山街道辦事處管轄。辦事處機關(guān)駐后灘西村。二、撤銷兩城鎮(zhèn)，以其原行政區(qū)域設立兩城街道辦事處，街道辦事處機關(guān)駐原鎮(zhèn)政府駐地。
2014年1月9日，《山東省人民政府關(guān)于同意調(diào)整日照市東港區(qū)嵐山區(qū)部分行政區(qū)劃的批復》（魯政字[2014]19號）同意將嵐山區(qū)后村鎮(zhèn)劃歸東港區(qū)管轄。
全區(qū)現(xiàn)轄7個街道、7個鎮(zhèn)：日照街道、石臼街道、奎山街道、秦樓街道、北京路街道、臥龍山街道、兩城街道、河山鎮(zhèn)、濤雒鎮(zhèn)、西湖鎮(zhèn)、陳疃鎮(zhèn)、南湖鎮(zhèn)、三莊鎮(zhèn)、后村鎮(zhèn)。其中，奎山街道、北京路街道由日照經(jīng)濟開發(fā)區(qū)代管，臥龍山街道、兩城街道由山海天旅游度假區(qū)代管。區(qū)政府駐日照街道。