單顆粒冷凍電鏡技術(shù)的顆粒挑選:接下來需要從原始數(shù)據(jù)中篩選出顆粒投影,也被稱為“顆粒挑選”,顆粒挑選的好壞也將影響所有后續(xù)的分析和處理過程,是一個重要并且繁瑣的步驟。顆粒挑選方式可以分為手動挑選、半自動挑選和完全自動挑選這幾種。在早期的分析中,對于結(jié)構(gòu)的了解還非常少,優(yōu)先考慮的都是人工挑選。但是自動的顆粒圖像獲取方法的出現(xiàn)使得在很短時間內(nèi)可以收集數(shù)十萬張顆粒圖像,人工挑選大量的顆粒圖像不太現(xiàn)實,并且人工的挑選通常會過于集中于某一類顆粒圖像,導(dǎo)致遺漏和偏差。半自動和全自動的方法主要有以下三類:(1)通過例如降噪、反襯增強、邊緣算子等圖像形態(tài)學(xué)方法搜索區(qū)域,基于數(shù)字圖像處理學(xué)的原理,將顆粒圖像與背景分離開來。(2)基于模板的方法,通過掃描數(shù)據(jù)圖像和已知的模板比較來挑選出潛在的顆粒圖像,模板的來源通常為手動選出的數(shù)據(jù)圖像中較為清晰的顆粒圖像,或者是已知結(jié)構(gòu)的投影。(3)結(jié)合無模板和有模板的方法,通過一些有監(jiān)督的機器學(xué)習(xí)算法進行顆粒挑選。冷凍電鏡技術(shù)之冷凍透射電鏡是將樣品冷卻到液氮溫度,用于觀測蛋白、生物切片等對溫度敏感的樣品。黃山生物冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)中心
冷凍電鏡技術(shù)解析結(jié)構(gòu)主要風(fēng)險在:A.樣品很不穩(wěn)定,樣品寄送過來的時候,已經(jīng)降解或者聚集,無法進行后續(xù)處理;B.樣品在冷凍制樣的過程中,可能會被凍碎,從而無法進行后續(xù)處理;C.樣品純度可能很好,但是均一度很差,從而難以獲得樣品的高分辨結(jié)構(gòu);D.我們關(guān)心的區(qū)域可能在整個復(fù)合體中有很強的柔性,從而經(jīng)過二維或者三維平均后,我們關(guān)心區(qū)域的分辨率會比較差甚至看不見,達不到我們的預(yù)期;E.一些配體,比如藥物前體分子,分子量太小,不一定能在電鏡的密度圖中觀測到;F.對于合適的樣品,我們冷凍制樣需要優(yōu)化的參數(shù)有很多,包括樣品濃度的優(yōu)化,blottime的優(yōu)化,溫度的優(yōu)化,grid規(guī)格(銅網(wǎng)或者金網(wǎng))的優(yōu)化等一系列條件的優(yōu)化。因此冷凍電鏡制樣需要豐富的經(jīng)驗和充足的機時支持,不同的實驗者,成功率可能差別很大。黃山生物冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)中心冷凍電鏡技術(shù)用于生物樣品三維結(jié)構(gòu)解析,包含單顆粒分析、微晶電子衍射和冷凍電子斷層掃描3種技術(shù)。
冷凍電鏡技術(shù)的應(yīng)用場景:冷凍電鏡主要應(yīng)用在結(jié)構(gòu)生物學(xué)和材料科學(xué)當中,如在2020戴口罩戴口罩中研究人員通過冷凍電鏡技術(shù)在解析病毒結(jié)構(gòu)、推測其侵染人體細胞的路徑等傳播原理發(fā)揮了重要作用,研究人員將戴口罩的結(jié)構(gòu)與其他幾種冠狀病毒進行了比較,發(fā)現(xiàn)2019-nCoV的S蛋白整體結(jié)構(gòu)與SARS病毒S蛋白的整體結(jié)構(gòu)相似,各個結(jié)構(gòu)之間具有高度同源性。在材料科學(xué)的應(yīng)用中,冷凍電鏡技術(shù)在一些對電子束、熱敏感材料,如鈣鈦礦材料、某些高分子材料、水凝膠、量子點等精細結(jié)構(gòu)的物理表征與機理研究中也具有巨大的應(yīng)用潛力。
冷凍電鏡技術(shù)之冷凍透射電鏡:冷凍透射電鏡(Cryo-TEM)通常是在普通透射電鏡上加裝樣品冷凍設(shè)備,將樣品冷卻到液氮溫度(77K),用于觀測蛋白、生物切片等對溫度敏感的樣品。通過對樣品的冷凍,可以降低電子束對樣品的損傷,減小樣品的形變,從而得到更加真實的樣品形貌。它的優(yōu)點主要體現(xiàn)在以下幾個方面:首先是加速電壓高,電子能穿透厚樣品;第二是透鏡多,光學(xué)性能好;第三是樣品臺穩(wěn)定;第四是全自動,自動換液氮,自動換樣品,自動維持清潔。冷凍電鏡技術(shù)中的單顆粒分析法的研究對象可以是具有某種對稱性的顆粒,也可不具有任何對稱性的蛋白分子。
冷凍電子顯微技術(shù)的發(fā)展與完善經(jīng)歷了復(fù)雜而艱辛的探索,下面,我們將深入解析冷凍電子顯微鏡的工作原理、流程與儀器結(jié)構(gòu),揭開它的廬山真面目。樣品制備:樣品快速冷凍技術(shù):樣品的原位冷凍固定處理是低溫電子顯微鏡標本制備的開始。冷凍電鏡采用的快速冷凍技術(shù)關(guān)鍵在于“快速”。這是由于:采用常規(guī)冷凍手段,水分子會在氫鍵作用下形成冰晶,一來會改變樣品結(jié)構(gòu),二來在成像過程中,冰晶體會產(chǎn)生強烈的電子衍射掩蓋樣品信號。而當冷凍速率足夠快時,水分子在形成晶體之前就會凝固成無定形的玻璃態(tài)冰,具有非晶態(tài)特性,保證了在電子束探測成像的過程中不會對樣品成像造成干擾。冷凍固定時,樣品首先放置在由液氮冷卻的容器中,隨后被快速浸入液態(tài)乙烷中。采用液態(tài)乙烷作為冷凍劑的目的是為了使冷凍速率足夠快,在冷凍過程中,樣品將以每秒104至106K的速度被快速冷卻。生物樣品中的水被玻璃化冷凍后,樣品結(jié)構(gòu)就得到了保持和固定,同時玻璃化冰也不會在真空環(huán)境中揮發(fā),在一定程度上保護了樣品免受電子輻射的損傷。冷凍電鏡技術(shù)助力快速、高效的新藥研發(fā)。黃山生物冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)中心
冷凍電鏡技術(shù)之冷凍透射電鏡優(yōu)點:樣品臺穩(wěn)定;第四是全自動,自動換液氮,自動換樣品,自動維持清潔。黃山生物冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)中心
冷凍電鏡技術(shù)的儀器結(jié)構(gòu):(1)圖像記錄系統(tǒng):收集來自樣品的電子信號,在熒光屏上形成圖像。(2)電子槍:產(chǎn)生電子束的部分,聚光鏡系統(tǒng)負責將電子束聚焦到樣本樣品上。(3)圖像生成系統(tǒng):由物鏡,中間和投影儀鏡頭以及可移動平臺組成。冷凍電鏡已經(jīng)能解析出生物大分子的原子級分辨率(0.2-0.3nm)結(jié)構(gòu),但是這一結(jié)果離物理極限還有較大距離。長久以來,冷凍電鏡在結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域取得了巨大成功,目前,多構(gòu)象蛋白的三維分類問題和生物大分子的動力學(xué)分析依然是充滿挑戰(zhàn)的研究方向,新型的算法發(fā)展也將主要圍繞這些問題展開。而作為一種低信號源激發(fā)測試技術(shù),冷凍電鏡技術(shù)在一些對電子束、熱敏感材料,如鈣鈦礦材料、某些高分子材料、水凝膠、量子點等精細結(jié)構(gòu)的物理表征與機理研究中也具有巨大的應(yīng)用潛力。他山之石,可以攻玉。隨著硬件設(shè)備與模擬算法的改進,這項帶著結(jié)構(gòu)生物化學(xué)研究邁入新紀元的技術(shù),未來必定擁有更加廣闊的應(yīng)用前景。黃山生物冷凍透射電子顯微鏡技術(shù)服務(wù)中心
上海司鼎生物科技有限公司是我國免疫印跡(WB)技術(shù)服務(wù),熒光定量PCR技術(shù)服務(wù),膜片鉗電生理技術(shù)服務(wù),在體光纖成像記錄技術(shù)服務(wù)專業(yè)化較早的有限責任公司(自然)之一,司鼎生物是我國醫(yī)藥健康技術(shù)的研究和標準制定的重要參與者和貢獻者。公司主要提供從事生物科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),營養(yǎng)健康咨詢服務(wù),商務(wù)咨詢,計算機軟件開發(fā),化工原料及產(chǎn)品(除危險化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、煙花爆竹、易制毒化學(xué)品),實驗室設(shè)備,儀表儀器的銷售。 【依法須經(jīng)批準的項目,經(jīng)相關(guān)部門批準后方可開展經(jīng)營活動】等領(lǐng)域內(nèi)的業(yè)務(wù),產(chǎn)品滿意,服務(wù)可高,能夠滿足多方位人群或公司的需要。將憑借高精尖的系列產(chǎn)品與解決方案,加速推進全國醫(yī)藥健康產(chǎn)品競爭力的發(fā)展。