聚合酶鏈式反應準備：PCR引物設計：PCR反應中有兩條引物，即5′端引物和3′引物。設計引物時以一條DNA單鏈為基準（常以信息鏈為基準），5′端引物與位于待擴增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物與位于待擴增片段3′端的一小段DNA序列互補。引物設計的基本原則：引物長度：15-30bp，常用為20bp左右。引物堿基：G+C含量以40-60%為宜，G+C太少擴增效果不佳，G+C 過多易出現非特異條帶。ATGC很好隨機分布，避免5個以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列參照。流聚合酶鏈反應將溶液置于熱梯度下，而不是反復加熱和冷卻聚合酶鏈反應混合物。徐州分子生物學定量PCR

聚合酶鏈反應的常見問題分析與解決方法：PCR產物量過少：退火溫度不合適。以2度為梯度設計梯度PCR反應優化退火溫度。DNA模板量太少。增加DNA模板量。PCR循環數不足。增加反應循環數。引物量不足。增加體系中引物含量。延伸時間太短。以1 kb/min的原則設置延伸時間。變性時間過長。變性時間過長會導致DNA聚合酶失活。DNA模板中存在抑制劑。確保DNA模板干凈。擴增產物在凝膠中涂布或成片狀條帶彌散：酶量過高。減少酶量；酶的質量差，調換另一來源的酶。dNTP濃度過高。減少dNTP的濃度。徐州分子生物學定量PCR聚合酶鏈式反應是80年代中期發展起來的體外核酸擴增技術。

聚合酶鏈反應：多重連接依賴探針擴增（MLPA):允許用單個引物對擴增多個靶標，從而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶鏈反應:由單個PCR混合物中的多個引物組組成，以產生對不同DNA序列特異的不同大小的擴增子。通過同時靶向多個基因，可以從單次測試中獲得額外的信息，否則將需要幾次試劑和更多時間來執行。每個引物組的退火溫度必須優化，以在單個反應中正確工作，并符合擴增子尺寸。也就是說，當通過凝膠電泳可視化時，它們的堿基對長度應該足夠不同以形成不同的條帶。

聚合酶鏈式反應：三步：變性：模板DNA加熱變性；復性，引物與它的靶序列發生退火，引物DNA量多，使引物和模板在局部形成雜交鏈；延伸，4種dNTP 與 Mg2+ 存在的條件下，DNA合成酶催化以引物為起始點，按5'-3'方向進行延伸。上面三步為一個循環，可使拷貝數到達2*E－6-2*E－7。PCR產物一段雙鏈DNA，是由它的末端引物的5’端決定的。首輪擴增，其產物是大小不均一的DNA分子。長度應大于兩引物之間的長度。在第二個循環中，由于5'固定，其產物長度就由等于兩引物之間的長度。所以幾十個循環后就會產生大量的兩引物之間序列。重疊延伸聚合酶鏈反應可以創造特定的長DNA構建體。

聚合酶鏈式反應的試驗污染：實驗室中克隆質粒的污染：在分子生物學實驗室及某些用克隆質粒做陽性對照的檢驗室，這個問題也比較常見。因為克隆質粒在單位容積內含量相當高，另外在純化過程中需用較多的用具及試劑，而且在活細胞內的質粒，由于活細胞的生長繁殖的簡便性及具有很強的生命力。其污染可能性也很大。污染的監測：一個好的實驗室，要時刻注意污染的監測，考慮有無污染是什么原因造成的污染，以便采取措施，防止和消除污染。重復性試驗。選擇不同區域的引物進行PCR擴增。重疊延伸聚合酶鏈反應：一種用于將兩個或多個含有互補序列的DN段拼接在一起的基因工程技術。徐州分子生物學定量PCR

熱啟動聚合酶鏈式反應：一種在PCR的初始建立階段減少非特異性擴增的技術。徐州分子生物學定量PCR

聚合酶鏈式反應的特點：靈敏度高：PCR產物的生成量是以指數方式增加的，能將皮克(pg=10-12）量級的起始待測模板擴增到微克（μg=-6）水平。能從100萬個細胞中檢出一個靶細胞；在病毒的檢測中，PCR的靈敏度可達3個RFU(空斑形成單位）；在細菌學中很小檢出率為3個細菌。簡便、快速：PCR反應用耐高溫的Taq DNA聚合酶，一次性地將反應液加好后，即在DNA擴增液和水浴鍋上進行變性-退火-延伸反應，一般在2～4 小時完成擴增反應。擴增產物一般用電泳分析，不一定要用同位素，無放射性污染、易推廣。純度要求低：不需要分離病毒或細菌及培養細胞，DNA 粗制品及RNA均可作為擴增模板。可直接用臨床標本如血液、體腔液、洗嗽液、毛發、細胞、活組織等DNA擴增檢測。徐州分子生物學定量PCR

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